مهندس محمدعلی شکوهیان‌راد، پژوهشگر آزمایشگاه فضای سایبر دانشگاه تهران درباره یکی از ویژگی‌های شاخص استاد فرج‌نژاد گفت: ویژگی اصلی ایشان این بود که پایه معرفتشان کاملا توحیدی بود. به حسب عنایتی که خداوند به بندگان مومنش دارد و سال‌ها مطالعه‌ای که داشتند، پالایشگری روی ایشان تنظیم شده بود. حتی اگر خارج از حیطه تخصصی‌شان با محتوایی مواجه می‌شدند، توانایی تشخیص حق و باطل را داشتند.

وی در ادامه افزود: فرقان تشخیص حق و باطل به ایشان عنایت شده بود. او این تشخیص را فقط برای خودش نگه نمی‌داشت. تمام تلاشش را می‌کرد و دغدغه‌مند بود که با انتقال این تشخیص‌ها به دیگران آن‌ها را از اشتباه و التقاط نجات دهد؛ به همین دلیل در هر حوزه‌ای از آموزش در رده سنی نوجوان گرفته تا حضور در جلسات تبیین اسناد ملی و طرح‌هایی چون مرکز پژوهش‌های مجلس با همین رویکرد حاضر می‌شد و این موارد را بیان می‌کرد.

استاد دانشگاه تهران گفت: در مقابل افرادی که آسایش‌طلبی را پیشه می‌کنند، با اینکه متوجه می‌شوند کلام ولیِ جامعه روی زمین مانده و اسلام در مقاطعی مظلوم و حق در حال ضعیف شدن است، ترجیح می‌دهند که کنار بنشینند تا حرف و حدیثی درباره‌شان به‌وجود نیاید. سرنوشت هر دو مسیر هم به طور کامل مشخص است.