درباره منظومه فکری استاد فرج‌نژاد پرسش مهمی مطرح است؛ او که در علوم متعددی تحصیل کرده و مطالعات عمیقی در حوزه‌های مختلف داشت، چگونه این علوم را به هم مرتبط ساخته و «نظام فکری» ایجاد می‌کرد؟ پاسخ به این پرسش نیازمند شناخت صحیح از چارچوب فکری این استاد ذوابعاد است. استاد فرج‌نژاد عمیقا باسواد و همه جانبه‌نگر بود و به دلیل مطالعات میان رشته‌ای فوق‌العاده‌اش، در بسیاری از علوم قدیم و جدید ایده‌های مهمی داشت. این روحانی مجاهد علاوه بر فقه، فقه‌های مضاف، فلسفه و عرفان در ارتباطات و رسانه، اقتصاد، تاریخ و بخشی از حوزه‌های استراتژیک حرف‌های زیادی برای گفتن داشت اما نقطه کانونی تمام مطالعاتش، «دشمن‌شناسی» و فهم نقشه‌های دشمن و سپس برنامه‌ریزی برای مقابله با آنها بود. رویکرد دشمن‌شناسانه وی در تمام امور جریان داشت از امور تربیتی و آموزشی گرفته تا پژوهش در فقه، رسانه، اقتصاد، تاریخ و علوم دیگر. او در نقد روایت رسمی از علوم، درباره پیش‌فرض‌ها و مفروضات علوم مختلف سوال می‌کرد و آنها را می‌کاوید. وی از جایگاه طراح نبرد تمدنی با صهیونیسم و رسانه‌های دشمن، نسبت به تربیت نیرو، تالیف کتاب، طراحی اردو و فعالیت‌های میدانی متعدد اقدام می‌کرد. هندسه ذهنی وی بر پایه تقابل بین اسلام و صهیونیسم بود. او از سویی ریشه‌ها و ساز و کارهای صهیونیزم جهانی، بهائیت و جریانات انحرافی را برملا ساخته و آثاری مانند کتاب «فرقه‌ها، عرفان واره‌ها و مکاتب صهیونیستی» و مستند «فرقه‌های سری» را تولید می‌کرد و از سوی دیگر «رسانه» را سلاح به‌روز دشمن می‌دانست. وی همکار علمی و مشاور مجموعه ها و مراکزی مانند مرکز مدیریت حوزه های علمیه برادران و خواهران، مرکز پژوهش‌های صدا و سیما، جامعه الزهراء، جامعه المصطفی العالمیه، دفتر تبلیغات، سازمان تبلیغات، مرکز خدمات کامپیوتری نور، نهاد نمایندگی ولی فقیه، موسسه امام خمینی، معاونت تبلیغ حوزه، انجمن‌ مطالعات فضای مجازی، انجمن سواد رسانه حوزه علمیه، بسیج دانشجویی، مرکز پژوهش‌های مجلس و از موسسان موسسه یهودپژوهی بعثت و شناخت پژوهان رسانه بود و تلاش می‌کرد تا ضمن فهم صحیح از نسبت رسانه و سینما، کارآمدی سلاح دشمن در رسانه را خنثی کند. فعالیت‌های رسانه‌ای گسترده‌ و تاثیرگذار دکتر فرج‌نژاد در حوزه صهیونیسم‌پژوهی در سال‌های 1393-1397، گرچه بطرز عجیب و مشکوکی تعطیل شدند اما او راهش را ادامه داده و دامنه فعالیت خود را بیش از پیش گسترش داد.