استاد محمدحسین فرج‌نژاد، مراد و الگوی خود را آیت الله مصباح یزدی می‌دانست؛ «متفکری برجسته، مدیری شایسته، دارای زبان گویایی که در اظهار حق و پای با استقامتی در صراط مستقیم» که محمدحسین را شیفته خود ساخته بود.
این طلبه جوان وارد موسسه امام خمینی(ره) شد و مبانی دینی را تحت اشراف این «فیلسوف بصیر»، به صورت منظومه‌وار و عمیق آموخت. انتخاب رشته اقتصاد آن‌هم در حدود بیست سال پیش نشان‌دهنده فهم درست او از نیازهای جامعه و وظایف خود بود.
محمدحسین جوان از محضر حجت الاسلام مهدی طائب، «تبار انحراف» و یهودشناسی را آموخت و بعدها در محضر آیه‌الله سیدمحمدرضا علم‌الهدی تفسیر قرآن و یهودشناسی قرآنی را تلمذ کرد.
مرحوم فرج‌نژاد در حوزه علمیه و موسسه امام خمینی(ره) از محضر بزرگانی چون حجج اسلام و آیات عظام عبدالله جوادی آملی، محمود رجبی، عباس کعبی، سیدمحمدرضا علم‌الهدی، قائنی، احمد عابدی، عبدالکریم فرحانی، سیدصمصام‌الدین قوامی، علی ربانی‌گلپایگانی، علی‌اصغر هادوی‌نیا، علیرضا پیروزمند، محمدحسین ملک‌زاده، علی ثقفی، احمد رهدار، ذبیح‌الله نعیمیان، پرویز داوودی، غلامرضا مصباحی مقدم، فرشاد مؤمنی، سیدکاظم رجایی، موسی نجفی، عبدالله شهبازی، منوچهر محمدی، حسن عباسی، حسن بلخاری، بابک عالیخان،، بهمن پازوکی، شهرام پازوکی، سروش دباغ، بیژن عبدالکریمی، منوچهر صانعی‌دره‌بیدی، حمیدرضا شریعتمداری، قاسم روانبخش، احمد ابوترابی، مهدی طائب و محمود نمازی بهره برد.
وی در دروس و مسائل مختلفی مانند اصول فقه، تفسیر، فقه‌الحدیث، فقه پزشکی، فقه سیاسی، فقه تمدن‌ساز، فلسفه تاریخ، فقه مضاف، جریان‌شناسی حوزه علمیه، مبانی ارتباطات و فقه رسانه، منطق جدید، تاریخ علم، فلسفه اسلامی، عقاید و کلام اسلامی، معارف قرآن، یهودشناسی، تاریخ ادیان، اقتصاد ایران، اقتصاد اسلامی، مالیه بین‌الملل، فلسفه هنر، بانک‌داری در اسلام و غرب، تاریخ معاصر ایران، علوم راهبردی و تفکر استراتژیک، پدیدارشناسی آلمانی، فیلمنامه‌نویسی، آینده‌پژوهی، نقد و تحلیل سینما و حکمت شعر عرفانی شاگردی کرد.
در دورانی که پرهیز از مطالعات جنبی ترویج و تخصص‌گرایی به عنوان یک اصل خدشه‌ناپذیر مطرح بود، این طلبه جوان معتقد بود که ما می‌توانیم در چندین موضوع متخصص بشویم در غیر این صورت تحلیل و کارایی درستی نخواهیم داشت.
محمدحسین فرج‌نژاد بسیار مطالعه می‌کرد و در کلاس‌های بسیار زیادی به صورت داوطلبانه شرکت می‌کرد. بر خلاف بسیاری از طلبه‌ها که نسبت به آینده‌شان خوش‌بین نبودند، او به آینده طلبه‌ها بسیار امیدوار بود و راه سعادت و پیشرفت کشور را در حوزه‌های علمیه می‌جست و تا آخر عمر بر همین اعتقاد باقی ماند.
مرحوم فرج‌نژاد علاوه بر دروس حوزوی و دانشگاهی در دوره‌های علمی مختلفی مانند طرح ولایت، تربیت محقق و نویسنده، زبان انگلیسی، تاریخ و دشمن‌شناسی در قرآن و احادیث، آشنایی با فرقه‌های انحرافی و بهائیت، نقد و تحلیل برنامه‌های رسانه‌ای، روش تحلیل نشانه‌شناسی، روایت و گفتمان و فیلمنامه‌نویسی، تفسیر موضوعی قرآن کریم، خبرنگاری و خبرنویسی، فقه دولت، جنگ نرم و عملیات روانی، فقه آینده‌پژوه و فقه پزشکی شرکت جست.
