استاد فرج‌نژاد به «تاریخ» علاقه زیادی داشت. بارها گفته بود که تاریخ، پژوهشگر را راهبردی می‌کند و در برنامه‌های حوزه هم باید تاریخ فقه، تاریخ مکاتب اصولی و تاریخ اجتهاد وارد شوند تا طلاب راهبردی و عمیق تربیت شوند. وی در هر رشته ای، ابتدا سراغ تاریخ آن رشته می‌رفت و باصطلاح تاریخ‌های مضاف را دنبال می‌کرد. استاد فرج‌نژاد معتقد بود که بدون مطالعه تاریخ علوم، نمی توان وارد آن علم شد و شرط آغاز حرکت، فهم مسیر گذشته این علم است. وی درباره فلسفه غرب، بر مطالعه عمیق تاریخ فلسفه غرب و در اقتصاد بر تعمق در تاریخ اقتصاد و در علوم سیاسی بر پژوهش در تاریخ دولت‌ها و تاریخ جنگ‌ها اصرار داشت و ردوپای تحریف و گزینش را در هر یک تواریخ مضاف نشان می‌داد. وی از منظر راهبردی، به دنبال شناخت برنامه‌های دشمن برای حافظه تاریخی مردم و ترسیم راه مقابله با آن بود و تلاش داشت تا مدل و شیوه‌های سوءاستفاده از تاریخ را کشف کند لذا مساله حافظه تاریخی و مسائلی مانند نقش دفتر فرح پهلوی در هویت‌سازی و تاریخ‌سازی در دوران پهلوی، مدل القای باستان گرایی در دوره پهلوی و شیوه‌های تاریخ‌سازی در کشورهای دیگر از دغدغه‌های تاریخی وی بودند.